ошибка?

[AbakAngelSoft]

Это вопрос не многопользовательности, а безопасности.
Если разрешить писать в папку приложения, то злобный вирус возьмет и запишет себя поверх приложения.
Давайте запретим переписывать само приложение, а в папку разрешим. Злобный вирь запишет себя рядом, переименует приложение, а потом и себя.
Запретим переименовывать приложение!!! Вирь найдет плугины в папке рядом с приложением и впишется в них.
Заставим всех разработчиков приложений явно указывать какие файлы в папке приложения можно переписывать, а какие нельзя! Э-э-э...

Проще, по моему, запретить писать в папку с приложением, и выделить под различные нужды приложений 2 десятка спец папок - и разработчику проще и операционной системе спокойнее. Imho.

С каких это пор bash начинает поиск с текущей папки? На всякий случай проверил:
создал HelloWorld.sh
положил в папку FindTest,
защел в нее cd ~/FindTest,
набрал HelloWorld.sh - фигушки, говорит, нету такого файла.
Набрал ./HelloWorld.sh - все нормально "Hello world!"
все таки зачем-то есть специальные папки bin, var, home, logs?

[and]

естественно начинать поиск файлов в каталоге с программой а не в гдето еще.

Что значит "естественно"? Очень какое-то субъективное "естество" получается. По мне вот (и разработчики M$oft'а со мной почему-то согласны) "естественно" начинать с текущего каталога (про GetCurrentDir тут выше говорилось). Сделайте ярлык на свою программу и задайте в поле "Рабочая папка" что-нибудь отличающееся от каталога, где лежит Ваш exe. Где будет читать-писАть?