Контрольная сумма файла

[Attid]

сабж.

какие алгоритмы кто использовал? что посоветуете?

[Sergei I. Gorelkin]

Не вижу смысла тут советовать что-либо, не являющееся общепринятым. А общепринятыми являются crc во всяких модификациях, и md5.
Еще есть adler32 (из zlib/paszlib), по характеристикам близкая к crc32, но проще считается.

[Deepthroat]

Для контрольной суммы вполне сгодится CRC32.