Если дело в настройках ИДЕ, то надо создать в каталоге предыдущей версией ИДЕ рабочую програмку, скомпилировать, запустить и выйти чтобы в каталоге сохранились конфиги со всеми настройками. После установить ИДЕ 3.0.4, зайти в каталог и открыть ей тот файл чтобы подхватились старые конфиги со всеми настройками. Если не поможет, то наверно дело в самой версии fpc-3.0.4 В линуксе с этой версией проблемы сплошные: линковать собранные бинарники не хочет, требует самую новую версию линковщика, а она не везде есть. Потом конечно линковщик нужной версии везде везде будет, но не сейчас. А вин32 версия ИДЕ у меня в эмуляторе вообще не запускается (как и линуксовый лазарус, собранный 3.0.4 версией компилятора) - валится с ошибкой. Так что проверить настройки виндовой ИДЕ пока не могу. Может на десятке, она и работает, но где та десятка
Дата у файла ld.exe 2012 года, потому, логично предположить что компилятор работающий из командной строки, линкует бинарники по старому формату, а в ИДЕ могло что-то из нового просочиться - его тестировать должны были реже, в то время резко пилили лазарус, внедряли новую версию компилятора. У бет лазаруса был компилятор 3.0.2 а у релиза - сразу 3.0.4, куда спешили с релизом, неясно.
Если не работает что надо на версии 3.0.4, проще пока посидеть на версии 3.0.2, она сверхновый линковщик не требует, пока версии ОС не подтянутся до требований 3.0.4 или в следующей версии не починят виндовую ИДЕ.