Да, в .ppu же тоже отладочная инфа может быть. И компилироваться этот .ppu мог с какой угодно рабочей директорией, в т.ч. на другой машине.
В итоге, чтобы восстановить путь надо знать где что компилировалось. Сама отлаживаемая программа понятно, где запустил компилятор, та директория и есть база. Для RTL, похоже, можно базой считать директорию rtl/{TARGET}. Для прочего непонятно.