В Windows, используя WinAPI, полупрозрачные произвольные формы в принципе делать не особо сложно.
А как дело обстоит в Ubuntu, в какую сторону копать, что читать?
Скриншот и простенький демо проектик прилагается.
PS: Проектик накидан только для демонстрации возможности создать такое окно.
PS: Под Wine в Ubuntu запускается и корректно отображает окно.
Код грязный, память не освобождается.

https://yadi.sk/d/VZxLQx39iJrQk
