ShowModal и StayOnTop - разные вещи.
Да и StayOnTop - аля винда стиль. В лине (гноме) я сего не замечал (окромя в либре). Т.е. единственное применение - "плавающие окошка" не влияющие на работу с основным окном. Иной раз черезчур "плавающие"

Но, иногда, полезные с точки зрения доступности функций. В дельфине это было, а вот в лазаре не реализовано нормально. Похоже на ситуацию с MDI.
п.с.
Возможно стоит пересмотреть реализацию фейса проги.